Simonekobas为什么一直打不开
的有关信息介绍如下：以下是相关解决方法
在线通路注释，一般使用DAVID、KASS、KOBAS等工具。
Kobas:KOBAS（基于KEGGOrthologyBasedAnnotat曾宣进率含胜煤ionSystem）是用于基360问答因/蛋白质功能注释（注释模块）和功能集富集（Enrichmentmodule）的Web服务器。给定一组基因或蛋白质，它可以确定通路，疾病和基因本体论（GO）术语是否显示统计学显着性。
KOBAS3.0由两个功能组成，注释（Annotation）和富集（Enrichm父林得或源ent）
KOBAS3.0的输入不支持genesymbol，一般操作将SymbolID转换成En技trezGeneID（或者）ensembl格式的ID。
推荐进配落行基因ID转换的网站：gprofiler：http://biit.***.ee/gprofiler/***.cgi
注释（Anno苗色种烧停析重经念tation）：
对于Annot伯候条轻季还置段ation模块，它接受基因/蛋白质列表作为输入，包括ID或序列。对于每个基因，您可以找到与该基因相关的途径，疾病和基因本体(GO).
富集（Enr量罪适ichment）
富集增科配突新构路团模块为您提供答案,了解哪些途径,疾病和GO术语与您刚输入的基因/蛋白质具有统计学意妒表选子环方互视义。
该模块在KOBAS2.0中称为“识别”。它接受与Annotation模地啊时划找组让真鲜块相同的输入格式，并且还允许Annotation模块的结果作为输入（请参阅参存工才按办均状会底必3.1中的详细信息）。它基于第一代基因集富集方法，一种称为过表达分析（ORA）的基因水平统计，这是一种基于超几何分布的简单且经常使用的测试。
注意事项：
输入数据：
1、Gene/proteinID、Sequences（FASTAformat）、TabularBLASToutput
请点击输入图片描述
2、Geneexpressionmatrix
请点击输入图片描述
输出结果：
径球八评相省吗议属传著TermKEGG的注释类
Database数据库类型
IDTerm对应的ID
Inp十ut输入的基因数目
in苏批济算因根定轻putnumber富集到这个Term的输入基因个数
Backgro裂传甲undnumber数据库中富集到这个通路的总有基因数量
P-valueP值
CorrectedP-Value校正后P值
请点击输入图片描述
请点击输入图片描述
KOBAS本地操作：
下载应用：http://kobas.***.edu.cn/kobas-2.1.1/kobas-3.0.害约价宪型使香特经味3.***.gz
下载数据库：http://kobas.***.edu.cn/download析_file.php?type=seq_pep&filename=ko.***.fasta.gz
###1、KO数据库建索引$diamondmakedb--inko.***.fasta--dbko-p24
###2、diamondblast
$diamondblastx-e1e-5--dbko-qgenes.***.fa-p24-f6qseqidqlenqstartqendqcovhspslensstartsendscoreevaluepositivelengthppossseqidstitlenidentmismatchgapsgapopenbitscorepident-o***.annotation
###转成TabularBLASToutputformat
$awk-F"\t"'{print$1"\t"$14"\t"$21"\t"$12"\t"$17"\t"$19"\t"$3"\t"$4"\t"$7"\t"$8"\t"$10"\t"$20}'***.annotation>***.annotation.m8
###注释
$***.py-i***.annotation.m8-tblastout:tab-sko-okegg.***.tmp
###检测
$***.py-fkegg.***.tmp-okegg.***.tmp-pK-mh-btmp
###富集
$***.py-ikegg.***.tmp-mk-okegg.***.txt
###查看注释结果
$lesskegg.***.tmp
##ko KEGGOrthology
##Method:BLASTOptions:evalue<=1e-05;rank<=5
##Summary: 3431succeed,2654fail
#Query KOID|KOname|Hyperlink
###序列 K号|酶号 基因|kopathway路径
gene_3301|***.hmm|1482_nt|+|3899966|3901447 K00045|E1.1.1.67,mtlK|http://www.***.jp/dbget-bin/www_bget?ko:K00045
gene_3075|***.hmm|774_nt|+|3605726|3606499K01692|paaF,echA|http://www.***.jp/dbget-bin/www_bget?ko:K01692
gene_1278|***.hmm|1332_nt|+|1517095|1518426 None
......
Query: gene_3301|***.hmm|1482_nt|+|3899966|3901447
KO: K00045 E1.1.1.67,mtlK
Pathway: FructoseandmannosemetabolismKEGGPATHWAY ko00051
Query: gene_3075|***.hmm|774_nt|+|3605726|3606499
KO: K01692 paaF,echA
Pathway: Fattyaciddegradation KEGGPATHWAY ko00071
Tryptophanmetabolism KEGGPATHWAY ko00380
....
功能富集分析概述：https://www.***.com/p/5a4bda169247
